专用发票是企业进行增值税抵扣的重要凭证，其抵税流程涉及多个环节和注意事项，企业只有严格按照税法规定操作，才能确保抵税合规有效，以下从专用发票的获取、认证、申报抵扣及后续管理等方面,详细说明专用发票是如何抵税的。
专用发票的获取与合规性检查
企业要实现增值税抵扣，首先需取得合法有效的增值税专用发票，专用发票由增值税一般纳税人通过增值税发票管理系统自行开具，基本内容包括购买方信息、销售方信息、商品或服务名称、规格型号、单位、数量、单价、金额、税率、税额等，企业在接收专用发票时，需重点检查以下合规性要素：
- 发票基本信息完整：购买方的名称、纳税人识别号、地址电话、开户行及账号等信息必须与税务登记信息一致，任何一个项目错误都可能导致发票无法抵扣。
- 真实合理：商品或服务名称需具体明确，不得为笼统的“办公用品”“材料”等，若涉及应税项目，需与企业的实际经营业务相符；金额、税额计算准确，税率适用正确（如货物销售通常为13%，交通运输为9%，现代服务为6%等）。
- 发票印章清晰有效：销售方发票专用章需清晰可辨，且与发票名称一致，否则视为无效发票。
- 发票联次齐全：专用发票的基本联次包括发票联、抵扣联和记账联，企业需取得抵扣联用于认证，发票联作为记账依据，记账联由销售方留存。
企业需注意，从销售方取得的增值税专用发票，应在开具之日起360天内（2017年7月1日前为180天）认证抵扣,逾期将无法抵扣。
专用发票的认证与勾选确认
取得合规的专用发票后，企业需在规定期限内完成发票的认证或勾选，这是抵扣的前置环节，根据现行政策，认证或勾选主要通过增值税发票综合服务平台（ formerly 增值税发票选择确认平台）进行，具体流程如下：
- 登录平台：企业办税人员使用数字证书或账号密码登录增值税发票综合服务平台，该平台由国家税务总局统一开发，提供发票查询、勾选、确认等功能。
- 发票信息采集：平台会自动归集企业取得的进项发票信息（包括抵扣联和海关进口增值税专用缴款书等），企业可通过“发票下载”功能获取电子发票数据，无需手动录入纸质发票信息。
- 勾选或确认签名：对于符合条件的专用发票，企业可直接在平台进行“勾选确认”，系统会自动计算抵扣税额，若为海关进口增值税专用缴款书，则需先进行“上传确认”，再在规定期限内进行“签名确认”。
- 生成认证结果：勾选确认后，平台会生成《增值税发票抵扣联认证结果通知书》，企业可据此进行后续申报抵扣。
需注意的是，自2020年3月1日起，增值税发票抵扣取消“认证”环节，改为“确认签名”，流程更加简化，勾选确认需在纳税申报期结束前完成，例如按月申报的企业,需在次月15日前完成上月发票的勾选确认。
纳税申报与抵扣操作
完成发票勾选确认后，企业需在纳税申报期内，通过增值税纳税申报表将进项税额申报抵扣，具体操作涉及《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》及其附表，重点包括以下步骤：
填写附表二（本期进项税额明细）：
- 第1栏“认证相符的增值税专用发票”：填写本期勾选确认的所有专用发票的金额和税额，包括本期取得和前期取得但未申报抵扣的发票。
- 第2栏“本期认证且本期申报抵扣”：填写本期勾选确认并实际申报抵扣的专用发票金额和税额。
- 第35栏“本期用于购建不动产的扣税凭证”：若企业取得的不动产或不动产在建工程专用发票，需在此栏单独反映，按规定分2年抵扣（第一年抵扣60%，第二年抵扣40%）。
主表申报：
- 《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》第12栏“进项税额”需与附表二第1栏一致；
- 第14栏“进项税额转出”反映不得抵扣的进项税额（如用于免税项目、集体福利等，需作进项转出处理）；
- 第15栏“期末留抵税额”为当期进项税额大于销项税额的差额，可结转下期继续抵扣。
申报与缴款：完成申报表填写后，通过电子税务局或办税服务厅提交申报，系统会自动计算应纳税额或应退税额，企业需在规定期限内缴纳税款或申请留抵退税。
专用发票抵扣的注意事项与风险防范
专用发票抵扣并非无限制，企业需注意以下风险点，确保抵税合规：
- 不得抵扣的情形：根据《增值税暂行条例》规定，用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产，以及非正常损失的购进货物及相关劳务等，其进项税额不得抵扣，企业需严格划分应税与免税项目，避免违规抵扣。
- 发票管理责任：企业需建立专用发票管理制度，专人负责发票的取得、认证、保管，防止发票丢失、损毁或重复抵扣，若发票丢失，需及时向销售方申请开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，方可作为抵扣凭证。
- 虚开发票风险：企业不得从第三方非法购买虚开的专用发票抵扣税款，否则将面临补缴税款、滞纳金及罚款，情节严重的将追究刑事责任。
- 红字发票处理：发生销货退回、开票有误等情形时，需销售方开具红字专用发票，购买方凭红字发票通知单和红字发票进行进项税额转出，不得直接抵扣蓝字发票。
相关问答FAQs
Q1：取得增值税专用发票后，未在360天内勾选确认，还能抵扣吗？
A：根据《国家税务总局关于增值税发票管理等有关事项的公告》（2019年第33号）规定，增值税一般纳税人取得2017年1月1日开具的增值税专用发票，仍可在360天内认证抵扣；但自2020年3月1日起，取消认证期限调整为“在纳税申报期内申报抵扣”，即按月申报的企业需在次月申报期内完成勾选确认并申报抵扣，若超过纳税申报期仍未申报，该进项税额将无法抵扣，也不能结转至以后期间抵扣。
Q2：企业从小规模纳税人处取得增值税专用发票，能否抵扣？如何抵扣？
A：从小规模纳税人处取得的增值税专用发票，若符合以下条件，可以抵扣：
（1）小规模纳税人自行通过增值税发票管理系统开具的3%征收率的专用发票（2025年减按1%征收率开具的专用发票，也可按1%抵扣）；
（2）购买方为一般纳税人，且取得的发票用于允许抵扣的应税项目；
（3）在规定期限内完成勾选确认并申报抵扣。
抵扣时，按发票上注明的税额抵扣，例如取得一张含税价103元、税额3元的专用发票，则进项税额为3元，金额为100元，若小规模纳税人委托税务机关代开专用发票,同样可按上述规定抵扣。
