当单位已经发放了奖金但未按规定代扣代缴个人所得税，后续需要进行补缴时，需遵循税法规定及征管流程，确保补缴的合法性和准确性，以下从补缴原因、操作流程、计算方法、注意事项及特殊情况处理等方面进行详细说明。
补缴个税的基本前提与原因
奖金已付但未缴个税，通常有两种情形：一是单位在发放奖金时因疏忽未履行代扣代缴义务；二是员工取得奖金时属于税法规定的“偶然所得”等应税项目，但未及时申报（如中奖、红利等），根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，支付所得的单位或个人为扣缴义务人，未履行代扣代缴义务的，需由扣缴义务人补缴税款，若因员工原因导致未缴，员工也可能需自行申报补缴。
补缴的核心原则是“税款所属期”与“收入所属期”匹配，即奖金实际发放的月份为税款所属期，需在次年3月1日至6月30日的综合所得年度汇算清期内完成补缴,或由扣缴义务人在发现未缴的次月进行补充申报。
补缴操作流程
（一）由扣缴义务人（单位）补缴
- 自查与确认：单位财务部门需通过工资薪金系统或奖金发放记录，核对未缴个税的奖金金额、发放时间、员工信息等，确认未代扣代缴的具体情况。
- 补充申报：通过自然人电子税务局（扣缴端）或办税服务厅进行补充申报，操作步骤包括：
- 登录扣缴端后，进入“综合所得申报”模块，点击“未申报补报”；
- 选择“奖金补报”，填写员工身份信息、奖金收入金额、所得项目（如“全年一次性奖金”或“工资薪金所得”）、税款所属期等；
- 系统自动计算应补缴税款，确认后提交申报。
- 税款缴纳：申报成功后，通过银行扣款或转账方式缴纳税款，获取完税凭证。
- 员工告知：单位需将补缴情况、税款金额及完税凭证复印件提供给员工，确保员工知情。
（二）由员工自行补缴
若单位拒绝或无法补缴（如离职员工），员工需通过以下方式自行申报：
- 年度汇算清缴：将未缴个税的奖金并入综合所得（选择“合并计税”或“单独计税”），在次年3月1日至6月30日通过“个人所得税”APP或办税服务厅办理年度汇算，补缴税款。
- 分类所得申报：若奖金为偶然所得（如中奖）、稿酬所得等，需在取得所得的次月15日内自行申报，逾期可能产生滞纳金。
补缴税款计算方法
奖金补缴个税的关键是正确选择计税方式，尤其是“全年一次性奖金”（俗称“年终奖”），可选择单独计税或并入当年综合所得，哪种方式税负低选哪种。
（一）全年一次性奖金单独计税
- 确定应纳税所得额：奖金金额（已扣除免征额50000元/年，若当年已使用过免征额则需扣除剩余部分）。
- 查找适用税率和速算扣除数：按照《按月换算后的综合所得税率表》计算，具体如下：
| 全年一次性奖金应纳税所得额 | 税率（%） | 速算扣除数 |
|---|---|---|
| 不超过3000元 | 3 | 0 |
| 超过3000元至12000元 | 10 | 210 |
| 超过12000元至25000元 | 20 | 1410 |
| 超过25000元至35000元 | 25 | 2660 |
| 超过35000元至55000元 | 30 | 4410 |
| 超过55000元至80000元 | 35 | 7160 |
| 超过80000元 | 45 | 15160 |
- 计算应纳税额：应纳税额=应纳税所得额×税率-速算扣除数。
例：员工2023年2月发放全年一次性奖金36000元，当月工资已超5000元，选择单独计税：
应纳税所得额=36000元，适用税率10%，速算扣除数210元；
应纳税额=36000×10%-210=3390元。
（二）并入当年综合所得计税
将奖金并入当年工资薪金、劳务报酬等所得，减除60000元（基本减除费用）、专项扣除（三险一金）、专项附加扣除等后，按《综合所得税率表》计算：
| 全年应纳税所得额 | 税率（%） | 速算扣除数 |
|---|---|---|
| 不超过36000元 | 3 | 0 |
| 超过36000元至144000元 | 10 | 2520 |
| 超过144000元至300000元 | 20 | 16920 |
| 超过300000元至420000元 | 25 | 31920 |
| 超过420000元至660000元 | 30 | 52920 |
| 超过660000元至960000元 | 35 | 85920 |
| 超过960000元 | 45 | 181920 |
例：员工2023年工资收入12万元，三险一金2万元，专项附加扣除1.2万元，奖金3.6万元，合并计税：
全年应纳税所得额=120000+360000-60000-20000-12000=288000元；
适用税率20%，速算扣除数16920元；
应纳税额=288000×20%-16920=40680元（需减除已预缴个税，补缴差额）。
（三）其他所得（如中奖、红利）
按次计税，以每次收入额为应纳税所得额，适用20%比例税率，无速算扣除数，公式：应纳税额=收入额×20%。
补缴注意事项
- 滞纳金：若因单位未代扣代缴导致补缴，从滞纳税款之日起，按日加收万分之五的滞纳金（从次月15日起算，即税款所属期的次月为滞纳金起算日）。
- 申报期限：单位需在发现未缴的次月内完成补充申报，员工需在年度汇算清缴期内自行申报，逾期可能面临罚款（最高可处不缴或少缴税款50%以上5倍以下罚款）。
- 凭证留存：补缴后需妥善保存完税凭证，以备税务核查或个人信用记录。
- 特殊情况处理：
- 离职员工：由原单位补缴或员工自行申报，需提供奖金发放证明（如银行流水、工资条）；
- 跨年度奖金：发放时已计入当年收入，次年不得重复补缴；
- 多次发放奖金：需分笔计算补缴，不得合并适用低税率。
相关问答FAQs
Q1：单位已发奖金但未缴个税，员工需要承担补缴责任吗？
A：一般情况下，补缴个税的责任在扣缴义务人（单位），单位需补缴税款并缴纳滞纳金，若员工明知奖金应税但未向单位申报，或协助单位逃避扣缴，可能需承担连带责任，员工可通过税务部门督促单位补缴，或自行申报后向单位追偿已缴税款。
Q2：奖金补缴个税时，选择单独计税和合并计税哪个更划算？
A：需根据员工全年收入、专项附加扣除等具体情况测算，若员工全年综合所得较低（如不超过12万元），合并计税可能适用更低税率；若综合所得较高（如超过30万元），单独计税可能更优，建议通过“个人所得税”APP的“税延测算”功能对比两种方式税负,选择最优方案。
